安徽医科大学公共卫生教育发端于1926年的学校前身上海东南医学院，1959年创办卫生系，1977年招收首届全日制预防医学本科生，1986年获批流行病与卫生统计学硕士学位点，2000年更名为公共卫生学院，2003年获批流行病与卫生统计学博士学位点，2005年获批儿少卫生与妇幼保健学博士学位点。学院2017年获批公共卫生与预防医学一级学科博士学位授权单位，建有公共卫生与预防医学一级学科博士后科研流动站。2022年获批建设全国首批高水平公共卫生学院。

学院设有流行病与卫生统计学系、职业卫生与环境卫生学系、营养与食品卫生学系、儿少卫生与妇幼保健学系、卫生毒理学系、卫生检验与检疫学系、健康促进与行为科学系（预防医学教学中心）、预防医学实验教学中心、预防医学科研实验中心和医学数据处理中心等10个学科系（中心）。

学院拥有合肥综合性国家科学中心大健康研究院健康大数据与群体医学研究所、出生人口健康教育部重点实验室等科研平台，与必欧瀚生物技术（合肥）有限公司合作建设预防医学质谱技术安徽省联合共建学科重点实验室。公共卫生与预防医学学科获省高峰学科、高校国内一流学科A类、等重大学科项目建设。流行病与卫生统计学和儿少卫生与妇幼保健学为省级重点学科。目前，“药理学与毒理学”、“社会科学总论”和“环境科学与生态学”进入ESI全球排名前1%。

近年来，先后主持国家科技支撑计划重大项目、国家重大研究计划专项、863计划、国家重点研发计划和国家社科基金等课题，获得包括国家自然科学基金重点项目和国际合作项目在内的国家自然科学基金189项。荣获中华医学科技奖一等奖1项，中华预防医学科技一等奖1项，安徽省科学技术奖一等奖1项，全国妇幼健康科学技术奖一等奖1项，其它省部级奖项20余项。